R言語による電子カルテデータの二次利用

~R言語初心者がデータ処理を楽しめるように基本的内容中心のサイトです~

JAB-HCCのshinyアプリ

2015年、虎の門病院肝臓センターからこんな報告がありました。本邦における B 型慢性肝疾患からの肝発癌予測リスクスコアモデル(Japanese risk estimations of HBV-related HCC:JAB-HCC)の作成 https://www.jstage.jst.go.jp/article/kanzo/56/9/56_4…

DiagrammeR 〜RでGraphvizを使う~

パワポでフローチャートや、ネットワーク図を作ると、ノードやエッジの位置が微妙にずれて、面倒だなと感じる人はいませんか。そんな時は、Graphvizを使用しましょう。 Graphvizを使うと、DOT言語で書かれたグラフを画像に出力できます。R言語では、Diagramm…

RでSQLserver(on Ubuntu16.04)への接続

現在当院で使用している電子カルテのデータベースは、MicrosoftのSQLサーバーです。ハードの保守期間も過ぎたため、今回ハードの更新と、Windows10版のクライアントへの変更、サーバーも変更しました。 今までは、クライアントPC(windows7)にR・Rstudioを…

shiny server環境構築(ubuntu16.04)

職場のみんなでshinyアプリが使えるようにshiny server環境を構築してみたいと思います。www.rstudio.com今回も練習用にUbuntu仮想マシンを用意しました。まずR、shiny、shiny-server等インストールしましょう。 $ sudo apt-get -y install r-base $ sudo su…

OpenDolphin(オープンソース電子カルテ)とRstudioの接続

r-beginner.hatenadiary.jp以前ブログで、OpenDolphin(電子カルテ)とORCA(日医レセコン)の環境構築について書いたところ、OpenDolphinデータベースを二次利用できるのかコメントをいただきました。実際OpenDolphinで電子カルテを運用されている方の参考にも…

DICOMserver構築②~Conquest・postgreSQL on Ubuntu16.04

以前DockerImageを使って、簡単なDICOMserver構築をブログにアップしましたが、今回は一つ一つコマンド入力しながらインストールして、データベースもPostgreSQLに変更してみます。今回も仮想マシン(Ubuntu64bit 16.04LTS)上にサーバー構築します。 画像サー…

DockerでDICOMserver構築①~Conquest、SQLite

フリーのDICOM画像serverでConquestというのがあります。 最近はDockerImageもあるようなので、使ってみました。まずは、Ubuntu64ビット16.04を準備。 $ gedit conquest.shエディターを立ち上げたら、下のスクリプトをコピペします。 #!bin/sh sudo apt-get …

PostgreSQLとRstudio環境構築

正直PostgreSQLは、ほぼ触ったことがありません。ただ医師会のレセコン(ORCA)や、オープンソース電子カルテのOpenDolphinはPostgreSQLを利用しており、これからレセコン・電子カルテデータをいじるのに避けては通れません。 はじめて操作した電子カルテはMyS…

OpenDolphinとORCAの簡単な環境構築

OpenDolphinは日医レセコンORCAに接続できる、オープンソースの電子カルテです。PC初心者でも導入できるように分かりやすく書かれていますので、これを参考に動かしてみたいと思います。 gihyo.jp はじめに 極力インストールの手間を省略するためと、ホストO…

ORCA(日医標準レセプトソフト)の導入

当院では使用しておりませんが、ORCAというレセプトソフトがあります。ちょっと触ってみたいと思っても、Ubuntuにインストールするのでやや敷居が高い感じです。 今回は仮想マシンで環境構築してみます。 まずVMwareにUbuntu14.04LTSを準備します。 OSの準備…

DockerでRとMySQLの環境構築(Ubuntu16.04LTS仮想マシン編)

RとMySQLをDockerで動かす練習です。 今回はUbuntu 16.04 LTSで環境作ります。まずVMwareでUbuntu64bit16.04LTSの仮想マシンを作っておきます。 端末から、 $ sudo apt-get update $ sudo apt-get install apt-transport-https ca-certificates $ sudo apt-k…

Rで画像処理~magick package

最近、ホームページもRmarkdownで書くようになりました。凝ったものは必要ないし、修正するのも楽だし、Rstudioで全て済ませられるので満足してます。ただホームページに貼り付ける画像を編集するのに、他の画像ソフトを立ち上げるのはやや面倒だなとは感じ…

ggmapで位置情報を可視化

電子カルテ用のPCはインターネットに接続されていないものが多いです。セキュリティーの問題もありやむを得ないのですが…。ただ折角の患者位置情報を可視化できないのはもったいないことです。Rでは、leaflet packageでインタラクティブな地図にプロットもで…

RでSQLデータベースへの接続1~MySQL編

電子カルテのデータベースは各施設で環境が違うため、今回は接続イメージを理解するためMySQLで練習してみます。 MySQLの準備 まずMySQLをダウンロード MySQL インストールはおまかせで。 デフォルトでconnectorも入るらしいのでそのまま Port:3306で root…