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R言語による電子カルテデータの二次利用

~R言語初心者がデータ処理を楽しめるように基本的内容中心のサイトです~

医療データ

DICOMserver構築②~Conquest・postgreSQL on Ubuntu16.04

以前DockerImageを使って、簡単なDICOMserver構築をブログにアップしましたが、今回は一つ一つコマンド入力しながらインストールして、データベースもPostgreSQLに変更してみます。今回も仮想マシン(Ubuntu64bit 16.04LTS)上にサーバー構築します。 画像サー…

電子カルテのサンプルデータ② ~患者マスター~

今回は、患者マスターデータをMySQLに入れて、SQLの練習をしてみます。[準備するもの] MySQL R Rstudio インストールの仕方が分からなければ下記を参考にしてください。 r-beginner.hatenadiary.jpまずは、MySQLと接続し、電子カルテ用データベース(ここで…

電子カルテのサンプルデータ①

ここ2年ぐらい電子カルテについての話をする機会が何度かありました。ブログのタイトルにもあるようにR言語でSQLデータベースからデータを抽出し、可視化したり、簡単な統計処理をしたりしました。電子カルテデータの二次利用について興味を持ってくれる医師…

ORCA(日医標準レセプトソフト)の導入

当院では使用しておりませんが、ORCAというレセプトソフトがあります。ちょっと触ってみたいと思っても、Ubuntuにインストールするのでやや敷居が高い感じです。 今回は仮想マシンで環境構築してみます。 まずVMwareにUbuntu14.04LTSを準備します。 OSの準備…

第二回クリニックICT研究会

ICT研究会に参加してきました。 糖尿病専門クリニックで、ファイルメーカーを使用した電子カルテデータの二次利用の発表や、OsiriXという医療画像システムの話、消化器科クリニックでの画像検査の話、WordPressでの予約システム等興味深い話がたくさんありま…

医療データについて

医療データの取り扱いは非常に難しい。各々の施設で管理された莫大なデータは、紙カルテから電子カルテに移行し長期保存可能となったし、二次利用の可能性も見えてはきた。ただしデータのフォーマットが決まっていず、バラバラのデータを一元化することは当…