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R言語による電子カルテデータの二次利用

~R言語初心者がデータ処理を楽しめるように基本的内容中心のサイトです~

電子カルテ

OpenDolphin(オープンソース電子カルテ)とRstudioの接続

r-beginner.hatenadiary.jp以前ブログで、OpenDolphin(電子カルテ)とORCA(日医レセコン)の環境構築について書いたところ、OpenDolphinデータベースを二次利用できるのかコメントをいただきました。実際OpenDolphinで電子カルテを運用されている方の参考にも…

電子カルテのサンプルデータ② ~患者マスター~

今回は、患者マスターデータをMySQLに入れて、SQLの練習をしてみます。[準備するもの] MySQL R Rstudio インストールの仕方が分からなければ下記を参考にしてください。 r-beginner.hatenadiary.jpまずは、MySQLと接続し、電子カルテ用データベース(ここで…

電子カルテのサンプルデータ①

ここ2年ぐらい電子カルテについての話をする機会が何度かありました。ブログのタイトルにもあるようにR言語でSQLデータベースからデータを抽出し、可視化したり、簡単な統計処理をしたりしました。電子カルテデータの二次利用について興味を持ってくれる医師…

ggplot2で人口ピラミッドを描く

まずはサンプルデータを落としてきます。 library(dplyr) library(RCurl) # This is not actual patient data. url <- getURL("https://raw.githubusercontent.com/Algo1970/EHR_data/master/pt_master_sample.csv") df <- read.csv(text = url, header = TR…

OpenDolphinとORCAの簡単な環境構築

OpenDolphinは日医レセコンORCAに接続できる、オープンソースの電子カルテです。PC初心者でも導入できるように分かりやすく書かれていますので、これを参考に動かしてみたいと思います。 gihyo.jp はじめに 極力インストールの手間を省略するためと、ホストO…

R言語でデータ処理からスライド作成まで

R言語は、たくさんのパッケージのおかげで統計解析のみならず、データの抽出、前処理、解析後の作図、表作成。レポートやスライド作成、さらにはWeb上への公開まで可能です。大雑把に書くとこんな感じ。 フローチャートの上から下まで一連の流れは、すべて…

医療データについて

医療データの取り扱いは非常に難しい。各々の施設で管理された莫大なデータは、紙カルテから電子カルテに移行し長期保存可能となったし、二次利用の可能性も見えてはきた。ただしデータのフォーマットが決まっていず、バラバラのデータを一元化することは当…

電子カルテデータの可視化~患者住所

患者マスターテーブルの中には、住所情報も入っているかもしれません。 id zip-code prefectures city address_line 10001 001-0902 北海道 札幌市 北区新琴似2条9丁目 この情報の持ち方は、メーカーによってかなり違うみたいです。都道府県、市町村、番地名…

電子カルテデータの可視化~患者マスター

データベースには複数のテーブルがあり、中心となるのが患者マスターかと思います。カラムにはID、名前、年齢等があります。その他にも読み仮名カラムや、旧姓カラム等、メーカーによって差はあるかと思われますが、代表的なカラムによるテーブルは以下の様…

R言語と電子カルテデータを使って何ができるか

R言語とは、簡単な統計処理から最新の機械学習まで、豊富なパッケージを利用することにより何でもできる?統計言語です。 csvファイルや、エクセルデータを取り込んでデータの前処理をするのはもちろんのこと、電子カルテのデータベースに接続し、SQL文…

電子カルテの仕組み

電子カルテは、規模によっても変わってきますが、一般的には電子カルテのデータを保管するサーバーマシンと実際の診療に利用するクライアントマシンにわかれます。データを保管するデータベースは、Microsoft社のSQL serverやオラクル、PostgreSQL、MySQLな…

電子カルテはじめ

6年前の勤務医時代までは、結局電子カルテを使用することはなく、勤務先の病院では血液検査のオーダリングと処方システム、画像ファイリングシステムのみが電子化されていました(各々独立に動いていましたが)。したがって入院患者の退院サマリーは手書き…