R言語による電子カルテデータの二次利用

~R言語初心者がデータ処理を楽しめるように基本的内容中心のサイトです~

SQL

RでSQLserver(on Ubuntu16.04)への接続

現在当院で使用している電子カルテのデータベースは、MicrosoftのSQLサーバーです。ハードの保守期間も過ぎたため、今回ハードの更新と、Windows10版のクライアントへの変更、サーバーも変更しました。 今までは、クライアントPC(windows7)にR・Rstudioを…

DICOMserver構築②~Conquest・postgreSQL on Ubuntu16.04

以前DockerImageを使って、簡単なDICOMserver構築をブログにアップしましたが、今回は一つ一つコマンド入力しながらインストールして、データベースもPostgreSQLに変更してみます。今回も仮想マシン(Ubuntu64bit 16.04LTS)上にサーバー構築します。 画像サー…

電子カルテのサンプルデータ② ~患者マスター~

今回は、患者マスターデータをMySQLに入れて、SQLの練習をしてみます。[準備するもの] MySQL R Rstudio インストールの仕方が分からなければ下記を参考にしてください。 r-beginner.hatenadiary.jpまずは、MySQLと接続し、電子カルテ用データベース(ここで…

PostgreSQLとRstudio環境構築

正直PostgreSQLは、ほぼ触ったことがありません。ただ医師会のレセコン(ORCA)や、オープンソース電子カルテのOpenDolphinはPostgreSQLを利用しており、これからレセコン・電子カルテデータをいじるのに避けては通れません。 はじめて操作した電子カルテはMyS…

DockerでRとMySQLの環境構築(Ubuntu16.04LTS仮想マシン編)

RとMySQLをDockerで動かす練習です。 今回はUbuntu 16.04 LTSで環境作ります。まずVMwareでUbuntu64bit16.04LTSの仮想マシンを作っておきます。 端末から、 $ sudo apt-get update $ sudo apt-get install apt-transport-https ca-certificates $ sudo apt-k…

RでSQLデータベースへの接続1~MySQL編

電子カルテのデータベースは各施設で環境が違うため、今回は接続イメージを理解するためMySQLで練習してみます。 MySQLの準備 まずMySQLをダウンロード MySQL インストールはおまかせで。 デフォルトでconnectorも入るらしいのでそのまま Port:3306で root…

R言語の導入と開発環境Rstudio

R言語のインストールは簡単です。 以下のサイトから自分のOSにあったファイルをインストールしてください。 R本体: https://cran.ism.ac.jp/ R言語単体で作業をするのは煩雑なので、Rstudioという開発環境を導入することをおすすめします。非常に便利です…

電子カルテの仕組み

電子カルテは、規模によっても変わってきますが、一般的には電子カルテのデータを保管するサーバーマシンと実際の診療に利用するクライアントマシンにわかれます。データを保管するデータベースは、Microsoft社のSQL serverやオラクル、PostgreSQL、MySQLな…