R言語による電子カルテデータの二次利用

~R言語初心者がデータ処理を楽しめるように基本的内容中心のサイトです~

Rmarkdownによるレポート作成

Rでデータ処理を行っていると、作成したデータセットや、グラフ、解析結果をまとめて確認したいと思われるのではないでしょうか。資料やレポート提出の際にもこのRmarkdownが役に立ちます。

内容

Rmarkdownの使い方

Rstudioの新規ファイルからR Markdownを選択してください。
f:id:r_beginner:20160211084059p:plain

タイトルを決めてOKボタンを押すと、サンプルコードが作成されます。
f:id:r_beginner:20160211084724p:plain

Knit HTMLボタンを押します。
f:id:r_beginner:20160211102035p:plain
HTMLファイルのレポートが作成されました。これが基本的な流れです。

YAML metadata
---
title: "sample"
author: "r-beginner"
date: "2016年2月11日"
output: html_document
---

"---"と"---"に囲まれた部分を、変更すると出力形式をへんこうすることができます。たとえばoutputをword_documentに変更し

---
title: "sample"
author: "r-beginner"
date: "2016年2月11日"
output: word_document
---

Knitボタンをおすだけで、ワードのdocxファイルができあがります。

つぎにoutputをioslides_presentationに変更し、少し内容を変更します。

---
title: "sample"
author: "r-beginner"
date: "2016年2月11日"
output: ioslides_presentation
---

## Slide 1
```{r}
summary(cars)
```
## Slide 2
```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

Knitボタンを押してみましょう。いままでレポートの出力だったものが、HTMLスライド形式に変更されました。
RPubs - isoslides_sample
ちょっとしたYAMLドキュメントの変更で、出力をいろいろ変更できるのがとても便利です。

Rmarkdown

Markdownとは、軽量なマークアップ言語です。
HTMLはタグをたくさん覚えなければならないので面倒ですが、Markdownなら簡単に文字のサイズを変えたり、強調したり、画像を挿入したりできます。
詳しくは参考にある、CheatSheetを確認してください。

R code chunk

この部分です。

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

"```{r}"と"```"の間にはR言語のコードを直接書くことができます。このChunkにオプションをつけることにより、コードを出力する・しない、結果を出力する・しない等、自由に変更もできます。
パワポでのスライド作成を思い出してください。貼り付けたグラフの元のデータが変更となった場合、グラフを再度作成し、画像ファイルに書き出し、パワポに再度貼り付ける作業が必要になります。(サイズを変えたり、位置を直したり…これが大変。)
Rmarkdownを使ったスライド作成なら、元データを変更し、Knitボタンを押すだけで、新しいグラフを組み込んだスライドが自動で作成されます。

資料の公開

作成した資料は簡単にRpubに公開することができます。
もう一度先ほど作成した資料(Knitボタンで出力されたもの)を見てみましょう。
f:id:r_beginner:20160211115057p:plain
右上にPublishボタンがあります。押すと、公開するか確認するWindowがでてきます。f:id:r_beginner:20160211115225p:plain
Rpubに登録済みであれば、これでボタンを押して登録終了です。

まとめ

Rmarkdownなら、文章や画像の体裁を簡単に整えて、レポートの作成に集中できます。出力形式も簡単に変更できるので、文章や画像を含んだレポートを、少しの変更でスライドに作り変えることもできます。データの変更を迅速にレポート、スライドに反映することができます。


参考