R言語による電子カルテデータの二次利用

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DockerでRの環境構築

とりあえず動かしてみよう

先日SappoRoR#7で、DockerによるR環境構築を教えてもらいました。
忘れないようにメモっておきます。

いろいろ方法はありそうですが、まずVMwareの仮想Ubuntuマシンに入れてみます。今回はUbuntu16.04LTSです。
Ubuntu仮想マシンが1台ある前提で始めます。
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端末から(Ctrl + Alt + T)

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sudo apt-get update
sudo apt-get install apt-transport-https ca-certificates
sudo apt-key adv --keyserver hkp://p80.pool.sks-keyservers.net:80 --recv-keys 58118E89F3A912897C070ADBF76221572C52609D
sudo apt-get install docker.io

rockerというコンテナイメージ置き場から、hadleyパッケージのインストール済みコンテナイメージを持ってきます。
終わったらコンテナを起動します。docker run イメージ名です。

sudo docker pull rocker/hadleyverse
sudo docker run -d -p 8787:8787 -v ~:/home/rstudio rocker/hadleyverse

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Tokyo.RもRstudio日本語環境作ってくれているようです。

sudo docker pull tokyor/rstudio
sudo docker run -d -p 8787:8787 -v ~:/home/rstudio tokyor/rstudio

docker runの-vオプション必ず付けましょう、ホストディレクトリとの接続用です。

ブラウザにlocalhost:8787といれると、rstudio serverが起動します。

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id、passwordは共にrstudioです。

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僕はDropboxに画像やら、Rスクリプト等を入れているので、Dropboxもインストールしています。

sudo apt-get install nautilus-dropbox
dropbox start -i

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ちなみにコンテナの状態を確認するのは、

sudo docker ps
sudo docker stats # ctrl+Cで終了

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こんな感じで簡単に環境構築ができます。

ウチの仮想環境で、

  1. 仮想マシン作成(Ubuntu64 16.04LTS):約20分、Ubuntu64 14.04LTSだと約15分
  2. アップデート~Dockerインストール:約1~2分
  3. docker pull rocker/hadleyverse :約5~6分

今回は動作確認を中心に。

参考

  • Reproducebility 100倍 Dockerマン

http://www.slideshare.net/teramonagi/reproducebility-100-dockerReproducebility 100倍 Dockerマン 

  • tokyor/rstudio

https://hub.docker.com/r/tokyor/rstudio/