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R言語による電子カルテデータの二次利用

~R言語初心者がデータ処理を楽しめるように基本的内容中心のサイトです~

仮想マシン

OpenDolphin(オープンソース電子カルテ)とRstudioの接続

r-beginner.hatenadiary.jp以前ブログで、OpenDolphin(電子カルテ)とORCA(日医レセコン)の環境構築について書いたところ、OpenDolphinデータベースを二次利用できるのかコメントをいただきました。実際OpenDolphinで電子カルテを運用されている方の参考にも…

DICOMserver構築②~Conquest・postgreSQL on Ubuntu16.04

以前DockerImageを使って、簡単なDICOMserver構築をブログにアップしましたが、今回は一つ一つコマンド入力しながらインストールして、データベースもPostgreSQLに変更してみます。今回も仮想マシン(Ubuntu64bit 16.04LTS)上にサーバー構築します。 画像サー…

DockerでDICOMserver構築①~Conquest、SQLite

フリーのDICOM画像serverでConquestというのがあります。 最近はDockerImageもあるようなので、使ってみました。まずは、Ubuntu64ビット16.04を準備。 $ gedit conquest.shエディターを立ち上げたら、下のスクリプトをコピペします。 #!bin/sh sudo apt-get …

PostgreSQLとRstudio環境構築

正直PostgreSQLは、ほぼ触ったことがありません。ただ医師会のレセコン(ORCA)や、オープンソース電子カルテのOpenDolphinはPostgreSQLを利用しており、これからレセコン・電子カルテデータをいじるのに避けては通れません。 はじめて操作した電子カルテはMyS…

OpenDolphinとORCAの簡単な環境構築

OpenDolphinは日医レセコンORCAに接続できる、オープンソースの電子カルテです。PC初心者でも導入できるように分かりやすく書かれていますので、これを参考に動かしてみたいと思います。 gihyo.jp はじめに 極力インストールの手間を省略するためと、ホストO…

ORCA(日医標準レセプトソフト)の導入

当院では使用しておりませんが、ORCAというレセプトソフトがあります。ちょっと触ってみたいと思っても、Ubuntuにインストールするのでやや敷居が高い感じです。 今回は仮想マシンで環境構築してみます。 まずVMwareにUbuntu14.04LTSを準備します。 OSの準備…

DockerでRとMySQLの環境構築(Ubuntu16.04LTS仮想マシン編)

RとMySQLをDockerで動かす練習です。 今回はUbuntu 16.04 LTSで環境作ります。まずVMwareでUbuntu64bit16.04LTSの仮想マシンを作っておきます。 端末から、 $ sudo apt-get update $ sudo apt-get install apt-transport-https ca-certificates $ sudo apt-k…

DockerでRの環境構築

とりあえず動かしてみよう 先日SappoRoR#7で、DockerによるR環境構築を教えてもらいました。 忘れないようにメモっておきます。いろいろ方法はありそうですが、まずVMwareの仮想Ubuntuマシンに入れてみます。今回はUbuntu16.04LTSです。 Ubuntu仮想マシンが1…

仮想マシンでUbuntuとRを使う

文字化け問題を考えたり、なんとなくUbuntuでR使ってみたいときは仮想マシンが便利。久々に仮想マシン使ったので、インストールと環境設定のまとめ。仮想マシンはVirtualBoxやVMwareなどがあるが、VirtualBoxはなんとなくもったりしていたので、VMwareで環境…

R言語の導入と開発環境Rstudio

R言語のインストールは簡単です。 以下のサイトから自分のOSにあったファイルをインストールしてください。 R本体: https://cran.ism.ac.jp/ R言語単体で作業をするのは煩雑なので、Rstudioという開発環境を導入することをおすすめします。非常に便利です…