R言語による電子カルテデータの二次利用

~R言語初心者がデータ処理を楽しめるように基本的内容中心のサイトです~

2016-01-01から1年間の記事一覧

DockerでDICOMserver構築①~Conquest、SQLite

フリーのDICOM画像serverでConquestというのがあります。 最近はDockerImageもあるようなので、使ってみました。まずは、Ubuntu64ビット16.04を準備。 $ gedit conquest.shエディターを立ち上げたら、下のスクリプトをコピペします。 #!bin/sh sudo apt-get …

PostgreSQLとRstudio環境構築

正直PostgreSQLは、ほぼ触ったことがありません。ただ医師会のレセコン(ORCA)や、オープンソース電子カルテのOpenDolphinはPostgreSQLを利用しており、これからレセコン・電子カルテデータをいじるのに避けては通れません。 はじめて操作した電子カルテはMyS…

OpenDolphinとORCAの簡単な環境構築

OpenDolphinは日医レセコンORCAに接続できる、オープンソースの電子カルテです。PC初心者でも導入できるように分かりやすく書かれていますので、これを参考に動かしてみたいと思います。 gihyo.jp はじめに 極力インストールの手間を省略するためと、ホストO…

ORCA(日医標準レセプトソフト)の導入

当院では使用しておりませんが、ORCAというレセプトソフトがあります。ちょっと触ってみたいと思っても、Ubuntuにインストールするのでやや敷居が高い感じです。 今回は仮想マシンで環境構築してみます。 まずVMwareにUbuntu14.04LTSを準備します。 OSの準備…

DockerでRとMySQLの環境構築(Ubuntu16.04LTS仮想マシン編)

RとMySQLをDockerで動かす練習です。 今回はUbuntu 16.04 LTSで環境作ります。まずVMwareでUbuntu64bit16.04LTSの仮想マシンを作っておきます。 端末から、 $ sudo apt-get update $ sudo apt-get install apt-transport-https ca-certificates $ sudo apt-k…

Rで画像処理~magick package

最近、ホームページもRmarkdownで書くようになりました。凝ったものは必要ないし、修正するのも楽だし、Rstudioで全て済ませられるので満足してます。ただホームページに貼り付ける画像を編集するのに、他の画像ソフトを立ち上げるのはやや面倒だなとは感じ…

ggmapで位置情報を可視化

電子カルテ用のPCはインターネットに接続されていないものが多いです。セキュリティーの問題もありやむを得ないのですが…。ただ折角の患者位置情報を可視化できないのはもったいないことです。Rでは、leaflet packageでインタラクティブな地図にプロットもで…

RでSQLデータベースへの接続1~MySQL編

電子カルテのデータベースは各施設で環境が違うため、今回は接続イメージを理解するためMySQLで練習してみます。 MySQLの準備 まずMySQLをダウンロード MySQL インストールはおまかせで。 デフォルトでconnectorも入るらしいのでそのまま Port:3306で root…