R言語による電子カルテデータの二次利用

~R言語初心者がデータ処理を楽しめるように基本的内容中心のサイトです~

R言語

Shinyアプリのテンプレートを簡単に作成してみる。

shinyアプリが盛り上がっています。僕の周りだけかもしれませんが…R言語で便利な関数を作って、Rstudioで使用するのも良いのですが、時にはマウスで操作できるアプリを作りたくなる時もあります。そんな時Rには、shinyパッケージという簡単なアプリを作るパ…

shiny server環境構築(ubuntu16.04)

職場のみんなでshinyアプリが使えるようにshiny server環境を構築してみたいと思います。www.rstudio.com今回も練習用にUbuntu仮想マシンを用意しました。まずR、shiny、shiny-server等インストールしましょう。 $ sudo apt-get -y install r-base $ sudo su…

Rstudio shortcut keys for writing code (Windows/Linux)

Introduction To write code quickly like vim or emacs, it is better to use shortcuts. In this blog, I will explain shortcuts that I like and use frequently. For other shortcut keys which I don’t introduce ,please refer to the following site…

PostgreSQLとRstudio環境構築

正直PostgreSQLは、ほぼ触ったことがありません。ただ医師会のレセコン(ORCA)や、オープンソース電子カルテのOpenDolphinはPostgreSQLを利用しており、これからレセコン・電子カルテデータをいじるのに避けては通れません。 はじめて操作した電子カルテはMyS…

DockerでRとMySQLの環境構築(Ubuntu16.04LTS仮想マシン編)

RとMySQLをDockerで動かす練習です。 今回はUbuntu 16.04 LTSで環境作ります。まずVMwareでUbuntu64bit16.04LTSの仮想マシンを作っておきます。 端末から、 $ sudo apt-get update $ sudo apt-get install apt-transport-https ca-certificates $ sudo apt-k…

DockerでRの環境構築

とりあえず動かしてみよう 先日SappoRoR#7で、DockerによるR環境構築を教えてもらいました。 忘れないようにメモっておきます。いろいろ方法はありそうですが、まずVMwareの仮想Ubuntuマシンに入れてみます。今回はUbuntu16.04LTSです。 Ubuntu仮想マシンが1…

Rで画像処理~magick package

最近、ホームページもRmarkdownで書くようになりました。凝ったものは必要ないし、修正するのも楽だし、Rstudioで全て済ませられるので満足してます。ただホームページに貼り付ける画像を編集するのに、他の画像ソフトを立ち上げるのはやや面倒だなとは感じ…

仮想マシンでUbuntuとRを使う

文字化け問題を考えたり、なんとなくUbuntuでR使ってみたいときは仮想マシンが便利。久々に仮想マシン使ったので、インストールと環境設定のまとめ。仮想マシンはVirtualBoxやVMwareなどがあるが、VirtualBoxはなんとなくもったりしていたので、VMwareで環境…

shinyの使い方

便利なスクリプトを書くと、人に自慢したくなります。 でも、そもそもRを普段使ってない人にRstudioの画面を見せても、なんか難しそうで特別な人しか使えないんでしょ…って言われてしまいそうです。そんな時はShinyアプリで便利さをアピールしましょう。ア…

第二回クリニックICT研究会

ICT研究会に参加してきました。 糖尿病専門クリニックで、ファイルメーカーを使用した電子カルテデータの二次利用の発表や、OsiriXという医療画像システムの話、消化器科クリニックでの画像検査の話、WordPressでの予約システム等興味深い話がたくさんありま…

関数の作り方

同じ処理を繰り返しコードとして書くなら、関数を作ってしまうのが便利です。関数の作り方は、関数名 計算式等の処理 戻り値 }のような書き方です。引数は必要なければ、不要です。 表示だけの関数を練習で作ってみます。 hello <- function(){ print("hello…

Rのデータ構造について

Rのデータ構造 ベクトル データフレーム リスト Rのデータ構造 よく用いられるベクトル、データフレーム、リストのみを簡単に説明します。その他は必要時にググってください。 厳密な定義は成書にお任せしますので、あくまでイメージです。 ベクトル 1から…

データの取り込み

Rにデータを取り込む方法はいくつかあります。 CSVファイルから取り込み read.csv("flu2014.csv") read.csvはいろいろ引数の指定ができますので、こまかな設定は調べてみてください うまく呼び出せない場合は、ファイルのdirectoryが違うのかもしれません。…

Rで表(table)作成

knitr::kable package'knitr' : CRAN - Package knitrまず簡単にkable()関数で。kable関数にデータフレームを入れるだけです。 Rでは、簡単に計算、作図が試せるように組み込まれたデータセットがあります。 最も有名なirisデータを使ってみましょう。 libr…

R言語でデータ処理からスライド作成まで

R言語は、たくさんのパッケージのおかげで統計解析のみならず、データの抽出、前処理、解析後の作図、表作成。レポートやスライド作成、さらにはWeb上への公開まで可能です。大雑把に書くとこんな感じ。 フローチャートの上から下まで一連の流れは、すべて…

R言語の情報収集

R言語に初めて出会ったのは、紀伊国屋の本棚でした。なんだか難しそうな本だなぁというのが第一印象でした。実際パソコンにインストールしたのは一年ぐらい後だったと思います。インストールしてすぐに、irisデータの散布図をプロットして、たくさんの散布…

DiagrammeRでフローチャート作成

フローチャートは、何かの作業の流れを説明するのに視認性が良く、とても便利です。 パワーポイントでも端子を作成し、文字を入れて、サイズや、枠の太さを設定することはできますが、端子の位置合わせや、流れ線の位置がずれると、見た目が美しくありません…

Rmarkdownによるレポート作成

Rでデータ処理を行っていると、作成したデータセットや、グラフ、解析結果をまとめて確認したいと思われるのではないでしょうか。資料やレポート提出の際にもこのRmarkdownが役に立ちます。内容 Rmarkdownの使い方 YAML metadata Rmarkdown R code chunk 資…

電子カルテデータの可視化~患者住所

患者マスターテーブルの中には、住所情報も入っているかもしれません。 id zip-code prefectures city address_line 10001 001-0902 北海道 札幌市 北区新琴似2条9丁目 この情報の持ち方は、メーカーによってかなり違うみたいです。都道府県、市町村、番地名…

電子カルテデータの可視化~患者マスター

データベースには複数のテーブルがあり、中心となるのが患者マスターかと思います。カラムにはID、名前、年齢等があります。その他にも読み仮名カラムや、旧姓カラム等、メーカーによって差はあるかと思われますが、代表的なカラムによるテーブルは以下の様…

RでSQLデータベースへの接続1~MySQL編

電子カルテのデータベースは各施設で環境が違うため、今回は接続イメージを理解するためMySQLで練習してみます。 MySQLの準備 まずMySQLをダウンロード MySQL インストールはおまかせで。 デフォルトでconnectorも入るらしいのでそのまま Port:3306で root…

R言語の導入と開発環境Rstudio

R言語のインストールは簡単です。 以下のサイトから自分のOSにあったファイルをインストールしてください。 R本体: https://cran.ism.ac.jp/ R言語単体で作業をするのは煩雑なので、Rstudioという開発環境を導入することをおすすめします。非常に便利です…

R言語と電子カルテデータを使って何ができるか

R言語とは、簡単な統計処理から最新の機械学習まで、豊富なパッケージを利用することにより何でもできる?統計言語です。 csvファイルや、エクセルデータを取り込んでデータの前処理をするのはもちろんのこと、電子カルテのデータベースに接続し、SQL文…