OpenDolphin(オープンソース電子カルテ)とRstudioの接続
以前ブログで、OpenDolphin(電子カルテ)とORCA(日医レセコン)の環境構築について書いたところ、OpenDolphinデータベースを二次利用できるのかコメントをいただきました。
実際OpenDolphinで電子カルテを運用されている方の参考にもなるかもしれないので、仮想マシンでの環境構築とRstudioでの接続までを書いておきます。
いつも通りUbuntu仮想マシン(Ubuntu1404)を用意します。
インストール用のスクリプトは上記ブログ内のものとほぼ同じですが、OpenDolphinのDockerコンテナで使用しているPostgreSQLと、ORCAのPostgreSQLのポートがぶつからないように、Docker runするときにPort(5433)を指定しています(通常は5432)。RstudioもクライアントPCにインストールするのが面倒なので、Dockerコンテナで入れちゃいます。
Ubuntuは固定IPに変更しておいた方がベターです。
端末から(Ctrl+Alt+T)。ファイル名は何でもよいですが、とりあえずdorca.shでシェルスクリプト用ファイルを作成します。
$ gedit dorca.sh
エディターが開いたら、下記スクリプトをコピペして、保存してください。
#!bin/sh printf "password: " read password # install ORCA echo "$password" | sudo -S wget -q https://ftp.orca.med.or.jp/pub/ubuntu/archive.key sudo apt-key add archive.key sudo wget -q -O \ /etc/apt/sources.list.d/jma-receipt-trusty48.list \ https://ftp.orca.med.or.jp/pub/ubuntu/jma-receipt-trusty48.list sudo apt-get update sudo apt-get -y dist-upgrade echo "$password" | sudo -S apt-get install -y jma-receipt wget https://ftp.orca.med.or.jp/pub/data/receipt/outline/update/claim_update.tar.gz tar xvzf claim_update.tar.gz sudo bash claim_update.sh sudo jma-setup sudo service jma-receipt start sudo apt-get install -y panda-client2 # install OpenDolphin sudo apt-get update sudo apt-get install curl sudo curl -sSL https://get.docker.com/|sh sudo service docker start sudo docker pull dolphindev/postgres sudo docker pull dolphindev/wildfly sudo docker run --name dolphin-db -p 5433:5432 -d dolphindev/postgres sudo docker run --name dolphin-server --link dolphin-db:ds -p 8080:8080 -d dolphindev/wildfly sudo docker run -d --name=rstudio -p 8787:8787 rocker/hadleyverse sudo service jma-receipt stop sudo gedit /etc/postgresql/9.3/main/postgresql.conf sudo gedit /etc/postgresql/9.3/main/pg_hba.conf sudo service postgresql stop sudo service postgresql start sudo dpkg-reconfigure jma-receipt sudo service jma-receipt start sudo ufw disable # ORCApasswordの設定 sudo -u orca /usr/lib/jma-receipt/bin/passwd_store.sh
あとは、シェルスクリプトを実行するだけです。
$ sh dorca.sh
うちの通信環境とPCスペックだと、シェルスクリプトの実行時間は35分程度です。
途中ORCAの設定等の入力を求められますが、上記サイトに書いてある通り入力してください。
では今回のポイントのOpenDolphinとRstudioの接続です。
Rstudio serverはDockerコンテナで動いているので、仮想マシン(Ubuntu)のIPアドレスとポートをクライアントPCのブラウザーに入力します。
例)192.168.244.211:8787
UsernameとPasswordは共にrstudioです。
これでRstudio severに接続できます。
次にRstudioで新規ファイルを作成。
下記コードをコピペして、一行ずつ実行してみてください。
install.packages("RPostgreSQL") library("RPostgreSQL") library("dplyr") con <- dbConnect(dbDriver("PostgreSQL"), host="192.168.244.211", # 自分の環境のIPアドレスを入力 port="5433", user= "postgres", dbname="dolphin", password="postgres") dbGetInfo(con) dbListTables(con) dbListFields(con, "d_stamp") dbReadTable(con, "d_facility") res <- dbSendQuery(con, "select * from demo_patient;") dbFetch(res) dbDisconnect(con)
dbConnectで接続オブジェクトを作って、dbListTablesでテーブルを確認したり
dbListFieldsでカラムを見たり
dbReadTableでテーブルを読み込んだり
ORCAから患者登録をして、OpenDolphinでカルテに書き込んで、Rstudioで実際にデータベースを確認してみると、いろいろアイデアが浮かんでくるかと思います。
楽しんでみてください。
参考サイト